治療根據引起少精子症的不同原因，選擇不同的治療方法：
（1）對內分泌功能異常引起的少精子症的治療：部分患者服克羅米芬可提高精子數，每日25mg， 每月服25日，停5日，6～12個月為一療程。有報道長期服用可降低形態正常精子的百分率，故目前推薦用低劑量療法，即隔日25mg。也有采用人絨毛膜促性腺激素（HCG）1000u，每週肌肉注射 2次，8～10周為一療程;同時可每日內服維生素E 100～200mg，連服3～4個月。也有試用丙酸睾丸酮50mg，每週肌肉注射3次，共3個月，用藥時精子數減少或消失，停藥後出現反跳現象，但據報道療效不佳。近來報道用酮替芬（甲哌噻庚酮）1mg，每日2次，連用3個月，精子密度和活動率得到顯著改善。己酮可可鹼加入到精液中或口服後可使特發性少精子症活力不足的精子增加活力。
（2）精索靜脈曲張是引起少精子症最常見的原因，有報告高達39%，可作精索靜脈結紮術，術後 1年精子密度升高者約50%～80%以上，使妻子妊娠者約30%～50%。
（3）急慢性睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、精囊炎等生殖道炎症也是引起少精子症的常見原因。治療可用羧苄青黴素每日4克，分4次服，連續使用1個月。複方新諾明可穿入前列腺液，療效也較好，每日2次，每次2片，連服3個月。
（4）補充微量元素：補鋅對少精和死精症有一定療效，服藥後精子數量明顯增加。由於鋅和銅的拮抗作用，補鋅同時治療高銅。治療方法是每次口服葡萄糖酸鋅50～100mg，每日2次，3個月為一療程，也有采用硫酸鋅治療的。
（5）補充精氨酸：精氨酸是生成精子的必要成分，少精子症患者的精液中，氨基酸含量明顯低於正常男性。補充精氨酸，每日口服4克，連續10周，可以使精子計數提高。
（6）中藥可試用五子地黃湯：枸杞子9g，菟絲子、覆盆子、車前子（包）各12g，五味子4 5g，澤瀉、當歸、茯苓各12g，甘草4 5g，淮山藥、丹皮、白芍、生地、黨蔘各12g。水煎服，每日一劑，100劑為一療程。經治療，精液異常者可恢復生育率56 2%。
