對脂肪肝的檢查分為實驗室以及其他輔助檢查。
1.血清脂質分析
中性脂肪、總膽固醇、遊離脂肪酸等均可升高，尤其是中性脂肪(三酰甘油)升高，最有診斷價值。約54%病例膽固醇升高，但血清膽固醇濃度與肝組織活檢肝內脂肪量無關。
2.肝功能檢查
輕度脂肪肝，肝功能基本正常。中、重度脂肪肝，表現為ALT、AST中、輕度升高，罕見高度升高。一般肥胖性脂肪肝ALT高於AST，反之，酒精性脂肪肝AST高於ALT;血清膽紅素異常;80%以上血清膽鹼酶升高。
3.肝臟B超檢查
肝臟B超檢查，具有經濟、迅速、準確、無創傷等優點，目前列為脂肪肝首選檢查方法。
瀰漫性脂肪肝B超表現：肝實質近場呈點狀高回聲，且肝回聲強度大於脾腎回聲，稱為“亮肝”;肝遠場回聲衰減;肝內血管顯示不清或纖細。
侷限性脂肪肝B超表現：肝內強回聲實質性，出現邊緣清晰的弱回聲區，呈類圓形或斑片狀，但無腫塊效應，無血管繞行或中斷，甚至或可見門靜脈正常延伸入該區。侷限性脂肪肝易誤診為肝內腫瘤。
和MRI
CT對診斷脂肪肝的準確性高於B超，對脂肪肝有診斷、分型、量化及鑑別論斷的意義。尤其對侷限性脂肪肝，能更清楚地與肝癌、肝血管瘤、肝膿腫等相鑑別。但其價格較高，而MRI價格較CT更昂貴，對脂肪肝的診斷優勢不明顯。
CT和MRI表現：在CT上脂肪肝所累及部位的密度變低，常接近於水或低於水的密度。正常人肝臟CT密度一般高於脾臟，一旦肝臟CT值低於脾臟，則可認定肝臟CT值較低。脂肪浸潤肝臟可見清晰肝血管影，呈“枯樹枝狀”，增強後血管影更清楚。瀰漫性脂肪肝者，一般較為均勻。侷限性脂肪肝多見於肝右葉，尤以後段多見，病變區肝較飽滿，密謀不均勻減低，邊界模糊不清;增強後病變區密度不均勻增強，其中可見血管影。
5.肝活檢
肝的活檢是診斷脂肪肝的金標準。提倡在B超的引導下進行肝穿刺，以提高穿刺準確性，最大限度地減少肝臟損傷。但因其創傷性，有一定的危險性，較難為病者接受。目前多作鑑別診斷之用。脂肪肝活檢標本可見：鏡下可見肝細胞脂肪浸潤，脂肪球大者可將細胞核推向一邊，整個肝細胞裂可形成脂肪囊腫。肝細胞壞死及炎症反應輕微或無。
在做肝穿刺的時候必須注意的是，雖然肝穿刺危險性不大，但肝臟畢竟是一種重要器官，必須嚴格掌握適應證與禁忌證。尤其下列情況作為肝活檢的標忌證：重度黃疸，大量腹水和有凝血機能障礙者;充血性肝腫大;右側胸腔及膈下有急性炎症者;疑有肝包蟲病或肝血管瘤者。
