中国的乙肝患者大多数是围生期或婴幼儿时期感染的，存在着比较明显的免疫耐受现象，相当一部分病人的乙肝病毒脱氧核糖核酸已经和肝细胞的脱氧核糖核酸整合了。这些病人用干扰素治疗的效果是很差的，表面抗原阴转率很低。即便是使用了一段时间的干扰素后，e抗原或乙肝病毒脱氧核糖核酸阴转了，但过一段时间又会转阳。所以在选择用干扰素时要掌握适应证。一般地讲，在近期内感染、成年人、女性患者、没有自身免疫性疾病现象、血清丙氨酸氨基转移酶波动在正常值的3~10倍范围、不伴有黄疸或血清胆红素小于80微摩／升，没有肝硬化证据，也不伴有心、肺严重疾病的病人可选择使用干扰素。丙型肝炎患者对干扰素治疗反应要比乙型肝炎病人好，而丁型肝炎对干扰素反应差。在使用干扰素时，还要掌握类型和剂量。已知的干扰素有三种，即α、β、γ。抗病毒效果好的是γ干扰素。
干扰素剂量与疗效有关。目前多数学者主张治疗乙肝采用中等量，即每天300万～500万单位或隔日给药，疗程不能少于3个月或更长。丙型肝炎的治疗剂量，中华医学会传染病学会推荐用两种方案：一种方案为每天300万单位，每周2次，24周为一疗程；另一种方案为每天300万单位，8周后改每周3次，总疗程24周。
干扰素治疗肝炎，乙型肝炎的e抗原、乙肝病毒脱氧核糖核酸、丙肝病毒核糖核酸阴转后一部分病人可能再转阳，这样的病人继续使用干扰素，可收到相同的效果。另外，还有一部分病人在治疗过程中产生抗干扰素的抗体，造成进入人体的干扰素被中和而失去作用，这一类病人治疗效果一般不好，可更换天然α干扰素治疗。
干扰素治疗有一定的毒副作用，可发生发热、食欲不振、肌肉酸痛、脱发、白细胞、血小板降低等不良反应，所以不是所有的肝炎病人都适用。要根据病人的具体情况，在医生的指导下应用，同时监测肝、肾功能和血常规改变。
