肛瘘手术后遗症常见以下几种：
1、肛门潮湿或漏少量稀粪：由于手术瘢痕过大使肛门关闭不严所致，患者往往属瘢痕体质者。随着时间的推移，瘢痕可以逐渐软化，该后遗症可以消失。只是这个时间有长有短，因人而异，如糖尿病患者的这个时间就会长一些。
2、肛管直肠狭窄：因瘘管复杂，大面积瘢痕挛缩所致。如何理需视具体情况而定。
3、肛门失禁：这是不该出现的，若出现说明手术失败了，需要进行修复手术。在临床上，肛瘘手术后出现肛门完全性失禁的情况很罕见；一般见到的是肛门不完全性失禁和肛门感觉性失禁，对此只能是保守治疗和加强肛门功能煅练。
