肛管癌以鳞状细胞癌最多见，约占2/3以上。按细胞分化程度分高、中和低分化癌。少数为腺癌。至于肉瘤和淋巴瘤在肛管区少见。恶性黑色素瘤在肛管直肠肿瘤中不足1%。中山医科大学肿瘤医院统计肛管直肠肿瘤574例中，仅有4例黑色素瘤，占0.7%。但其恶性度极高，生长快，迅速转移至区域淋巴结和其他脏器，预后甚差。
肛管癌扩散途径主要是淋巴道转移，而且主要是沿直肠上动脉向上方转移至直肠旁淋巴结，汇成直肠上淋巴结，继而转移到肠系膜下动脉周围。肛管癌亦可向侧方淋巴转移至髂内、髂总淋巴结。向下方转移主要向前经过会阴及大腿内侧部皮下组织到达腹股沟浅淋巴结，少数向后沿臀部外侧经两侧髂嵴进入腹股沟浅淋巴结，最后均汇至腹股沟深淋巴结和髂外、髂总淋巴结。可见，腹股沟淋巴结转移常可成为第1站淋巴结转移，与直肠癌有所不同。其次，肛管癌局部扩散可侵入肛门括约肌、阴道后壁、会阴、前列腺和膀胱，造成肛管阴道瘘或肛管膀胱瘘，所以在行腹会阴联合直肠切除术治疗肛管癌时，会阴部切除范围应较直肠癌手术时广泛。肛管癌第3条扩散途径是经血道至肝、肺、骨、腹膜等。
2.分期 肛管癌临床病理分期种类较多较杂，目前从国际抗癌协会（UICC）的TNM分类法（1997）应用最多。
分期标准：
T原发肿瘤
Tx原发肿瘤未能确定
T0无原发肿瘤
Tis原位癌
T1肿瘤最大径≤2cm
T2肿瘤最大径》2cm
T3肿瘤最大径》5cm
T4肿瘤不论大小，但已经侵犯邻近器官如阴道、尿道、膀胱（仅侵犯括约肌不属于T4）
N区域淋巴结
Nx区域淋巴结未能确定
N0无区域淋巴结转移
N1直肠周围淋巴结转移
N2单侧髂内和（或）腹股沟淋巴结转移
N3直肠周围淋巴结和腹股沟淋巴结转移，和（或）双侧髂内和（或）双侧腹股沟淋巴结转移
M远处转移
Mx远处转移未能确定
M0无远处转移
M1有远处转移
