根据新生儿脓疱病以大脓疱随后出现全身症状的特点可以诊断，但要与下列疾病鉴别：
1.金葡萄性烫伤样皮肤综合征可能是本病的严重类型。起病急，有严重的全身症状，皮损主要是大水疱，尼氏征阳性、剥脱显著，不具有大脓疱损害。
2.遗传性大疱性表皮松解症水疱多发生在手、足部等易受外伤和摩擦的部位，大疱内容澄清，常有家族史。
