第一就是胚胎发育阶段，实心期中肠空化不全可以产生肠闭锁或者是狭窄。
第二就是胎儿期肠管某部的血运障碍，比如胎儿发生肠扭转、肠套叠、胎便性腹膜炎以及黏连性的肠绞窄、肠穿孔、内疝、肠系膜血管发育畸形，致成肠管某部位的血液障碍，使肠管发生坏死、吸收、修复等病理生理过程，而形成的肠闭锁。
那么常见到的有切除标本的肠腔内呈现肠道里的改变，并多次见到肠闭锁合并腹腔内粘连及散在钙化灶的病例。
先天性肠闭锁最常见于空肠下段及回肠，十二指肠次之，结肠闭锁则较为少见。而肠狭窄则以十二指肠最多，回肠较少。肠闭锁有两种病理状态，一种为模式闭锁肠管内由于隔膜将肠腔隔断形成闭锁，多见于十二指肠及空肠，外观仍保持其连续性。
