1、油鹽較多。黑乎乎的醬油，同時泛着亮亮的油花，滿目皆是。固然這種蓋澆飯吃得香，開胃下飯，但同時也可能造成鹽和脂肪攝入量超標，尤其不適合肥胖和高血壓人羣食用，對於健康人來説，也應減少吃此類蓋澆飯的次數。
2、菜量少，品種單一。多數蓋澆飯中菜的量很小，往往是一大盤米飯上面覆蓋着薄薄的一小層菜，遠遠達不到每頓半斤蔬菜的要求。同時蓋澆飯中蔬菜的種類比較單一，長期吃某一種蓋澆飯可能會造成其他營養素攝入不足。
3、缺少粗糧。目前蓋澆飯的主食大多是白米飯，缺乏粗糧、豆類和薯類。從營養角度來説，對於主食的要求，是儘量粗細搭配，營養素配比均衡、豐富，而多數蓋澆飯並沒有達到這個要求。
4、葷多素少。蓋澆飯雖然品種繁多，但排骨、滷肉、牛肉、雞肉、魚肉等蓋澆飯基本上都是肉多菜少，而蔬菜類的蓋澆飯品種較少，因此，無論哪種蓋澆飯都難達到合理的葷素比例。
總體來説，在餐館中儘量少點炸、煎等烹調的菜餚做成的蓋澆飯，其湯中脂肪較多；容易吸油的菜餚也儘量不點，如地三鮮、燒茄子；同時儘量避開麻辣口味的菜餚，如宮保雞丁、虎皮尖椒等，這類蓋澆飯往往油鹽超標；多選擇清淡少油的菜餚，如西紅柿雞蛋等。
如果在家裏烹調，除了炒菜時少油少鹽，注意葷素搭配外，建議在烹飪米飯時加點小米或紫米之類的粗糧，也可單獨蒸一塊紅薯來替代部分主食，以保證足量膳食纖維的攝入。
