現代醫學認為免疫系統是一個極為複雜的系統，它受神經和內分泌系統的調控，反過來它也調節着神經和內分泌系統，形成了一個神經內分泌免疫調節網絡。
女性免疫性不孕症的病因病機是十分複雜的，目前尚未完全清楚，為婦產科的疑難病症之一。
女性生殖系統中的抗原包括來自男性的精液中的抗原(見本頁以上部分)和女性自身的卵巢抗原。
1、近年來研究證實，女性生殖道粘膜局部具有產生抗精子抗體的能力。
女性生殖道避部產生的抗體及血清中的抗精子抗體均可干擾生殖過程。
其機理是：
①抗體能促進巨噬細胞的吞噬功能，以便從生殖道清除精子;
②適當補體存在的情況下，抗體對精子具有細胞毒性;
③局部抗體能干擾精子在生殖道內的能量;
④局部抗體能與卵曲細胞的成分發生交叉反應，抑制其發育;
⑤正常情況下，局部抗體在選擇精子中起重要作用。精液抗原使女性產生免疫反應後，女性器官並不發生病理變化。性交後，抗體攻擊的靶子是進入生殖道中的精子。並且每閃性交進入生殖道中的精子都成為一種自然免疫增強劑，能夠使抗精子抗體的效價維持在高水平上，從而持久地影響受孕能力。?
2、女性自身的卵巢抗原主要是卵巢的特異性抗原，它可以對卵巢產生自身抗體，從而導致不排卵，引起不孕。
Sacco等通過異種免疫方法發現卵細胞透明帶、卵泡膜細胞和閉鎖卵泡中均存有特異性抗原。已知在卵巢的全部抗原中，以透明帶的免疫性為最強。透明帶抗原中，以透明帶的免疫性為最中。透明常抗原產生的透明帶抗體不但能封閉透明帶上的受體，阻止受精，而且還能抗着牀，這也是女性自身免疫引起不孕的主要原因。
