通常根據臨牀診斷，醫生可以推斷病原菌的種類，或結合必要的輔助檢查（包括病原學檢查），選用有效的抗生素；如對病原菌診斷不明，可選用廣譜抗生素。家長為病兒自選抗生素，缺乏針對性，可能造成療效不佳或無效，並有可能誘發耐藥菌的產生，造成後期治療的困難或耐藥菌的傳播。
抗生素無高級與低級之分，只有病原菌對藥物敏感與不敏感之分，以價格判斷藥物好壞、高級低級是沒有道理的。
不能盲目同時服用兩種以上抗生素
兩種或兩種以上抗生素同時使用稱為聯合用藥。同時服用兩種以上的抗生素，有可能造成用藥無效的後果。通常，有嚴重感染或混合感染，病原菌不明或單一抗生素不能控制，又或者較長期應用抗生素細菌產生耐藥性可能者，以及聯合用藥可使毒性較大的藥物劑量得以減少時，才可在醫生的指導下聯合用藥。一般需用抗生素治療的感染性疾病僅用一種抗生素即可，多用藥多保險的想法是錯誤的。
藥物劑量由醫生來確定
針對病原菌選藥後，需從患兒病情、藥物在體內代謝特點、給藥順從性等方面考慮，來決定給藥劑量及方式。為確保抗生素很好地發揮作用而不對機體產生危害，掌握恰當的抗生素劑量是必須的，在兒童，藥物劑量通常是由醫生根據診斷、病情、體重或體表面積計算得出，另外，亦應考慮小兒機體代謝狀態，對患有肝、腎疾病的小兒，除應避免應用具有相應毒副作用的藥物外，還應仔細考慮用藥劑量。認為兒童用藥即為簡單的成人劑量減半的概念是錯誤的。
抗生素治療療程因疾病種類、病情嚴重程度、對現有治療的反應等而異，具體應諮詢醫生，認為症狀消失即為病癒的概念是錯誤的。
一般不需預防用藥
預防性應用抗生素的目的在於預防1~2種特殊細菌侵入傷口或血液循環而發生感染，部分外科手術預防用藥。由此可見，通常情況下不應預防性應用抗生素。
警惕不良反應
應用抗生素應注意藥物引起的過敏反應、毒性反應及二重感染。過敏反應形式多樣，輕者可出現皮疹、藥物熱、血管神經性水腫，嚴重者哮喘，甚至出現過敏性休克。毒性反應可見由氯黴素引起的再生障礙性貧血，慶大黴素等引起的耳聾等。由於抗生素應用後殺滅或抑制了敏感細菌，未被抑制的菌種可大量繁殖，發生菌羣紊亂，因而在用藥過程中有可能出現黴菌、耐藥菌等引起的二重感染，此種感染可為較輕的局部，如口腔、胃腸道的感染，亦有可能發展為敗血症，甚至危及生命。
