很多疾病可導致男性不育，如先天性小陰莖和尿道下裂，具體原因如下：
先天性小陰莖
先天性小陰莖是造成男性不育的一種重要的先天性陰莖發育異常疾病，指男性進入青春期後陰莖仍處於兒童型狀態，陰莖外形正常，只是陰莖過小，長度小於5cm，多伴有睾丸異常和其他潛在的內分泌功能不足。先天性陰莖發育異常均可影響性交活動，嚴重者將導致不育。先天性陰莖不發育、隱匿陰莖患者主要表現為無勃起和性交能力。
尿道下裂
男性尿道開口異常常見的有尿道上裂和尿道下裂2種。尿道下裂較常見，據統計約每1000個出生男嬰中有8例，而尿道上裂較少見，每95000個出生嬰兒中約有1例。男性尿道是精子排出體外的必經之路，正常開口於陰莖頭的前中部，這種解剖位置有利於性交時將精子射入女性陰道內，使之有機會受孕，若尿道開口發生先天性異常，可則妨礙性交，不能將精液射入女性陰道內，以致男性不育。尿道下裂根據尿道開四位置不同分為冠狀溝型、陰莖型、陰莖陰囊型和會陰型．其中冠狀溝型多見，約佔87％，是引起男性不育。
