1、美藍標記：將一塊適中的紗布放置於肛門內，而後將5%的亞甲藍水溶液由外口注入瘻管，然後輕輕將紗布拉出，觀察內口的位置。爾後，用窺器擴開肛門，在齒狀線附近，着色最顯着處，以肛竇鈎或探針探查，多數可發現內口。
2、其他：如X線檢查、肛管壓力測定等檢查方法，較少用，有條件者也可採用。
3、肛竇鈎檢查：以窺器伸入肛門，可見有紅腫炎症的肛竇，內口多在此處。用肛竇鈎反覆檢查肛竇，不難找到內口。探時忌用暴力，以免穿破正常肛竇，造成新的感染內口。
4、探針檢查：用探針從瘻外口伸入瘻管，食指伸入肛管，多數探針可在齒線處的內口穿出。對瘻道彎曲者，探針多不能順利穿過，切忌用力過猛，使探針穿破瘻管壁，造成新的感染。
