以前的研究證明了16號染色體上的一種基因的突變與克羅恩氏病之間的關係。近期發表的一些文章確定這種基因是NOD2基因，在細菌觸發的炎症反應中起作用。臨牀上使用抗菌素治療某些克羅恩氏病。在實驗室裏，在無菌環境中製備的炎症性腸病(IBD)動物模型經常不表現為IBD。因此NOD2基因是克羅恩氏病的易患基因非常好的候選，以及與克羅恩氏病發生、免疫反應和腸細菌作用有關的一種重要共同致病因子。
NOD2是一種富含亮氨酸的重複基因，為感知脂多糖所必須並可激活核因子κB(NF-κB)信號傳遞途徑。類固醇可抑制NF-κB以及腫瘤壞死因子和其它細胞因子的表達。克羅恩氏病病人單核細胞NF-κB激活和腫瘤壞死因子表達加速。NOD2表達侷限在單核細胞，在這裏作為致病細菌成分的細胞漿受體。易患結腸炎的小鼠脂多糖信號傳遞有缺陷。研究人員篩查了512例來自德國和英國家庭或德國三人組(有IBD 的德國病人及他們無病的父母)的病人，以及正常對照。潰瘍性結腸炎或克羅恩氏病的診斷通過臨牀、放射學、內窺鏡和組織學檢查確定。將不確定結腸炎病人從研究中排除。6%克羅恩氏病病人是NOD2純合子。潰瘍性結腸炎病人沒有屬於這一類的，對照組也沒有NOD2純合子。NOD2雜合子存在於18%的克羅恩氏病、6%的潰瘍性腸炎病人，以及8%的對照。Hampe等人指出，突變少見，只有6.5%的克羅恩氏病病人是純合子。這種突變為克羅恩氏病的發生提供了高度風險。NOD2和潰瘍性腸炎之間沒有相關性，但是NF-κB活化在克羅恩氏病強於潰瘍性腸炎。
