男性陰莖短小症多見於先天性，少數為後天的。陰莖短小是男性疾病的一種，陰莖的大小是受遺傳因素的影響。
先天症的有睾丸發育不全症又稱克氏綜合症。這類病人，身材高大而陰莖卻短小，睾丸小，陰莖雖能勃起，且具有性慾、射精和遺精等正常性功能，但由於睾丸不能產生精子，所以排出的精液中無精子，因而無生育能力。
先天性小睾丸症，陰莖也短小，由於睾丸分泌男性激素不足，因而缺乏性慾和正常性功能，雖然可以使用睾丸酮來治療，但只能增強性功能，而不能生育。先天性真性男性陰莖短小目前仍無治療方法。
後天性的陰莖短小，主要因睾丸萎縮引起，如：長其從事超聲、微波、放射線、高温等作業的男性，青春期前腮脈炎合併睾丸寒，長期食用粗製棉籽油等，均可引起睾丸萎縮。
後天性真性男性陰莖短小症的睾丸分泌雄激素功能正常，性染色體也正常，主要是精子生成障礙而引起不育症，但並不影響生殖器官及第二性徵的發育，也不影響正常的性慾和性功能。後天性的真性男性陰莖短小症，經過治療或避免損傷，睾丸功能的工作，是可能逐步得以恢復的。
一旦發現患病，應該立即主動到正規醫院接受正規治療，千萬不要諱疾忌醫，更不要病急亂投醫、亂吃藥，只要明確診斷，對症下藥，定期複查，完全可以控制病毒，並最終達到治癒的效果，但如果治療不當將後患無窮。
