有些文献报道，采用试管婴儿技术可能会导致新生儿某些类型的出生缺陷发生率增加，而一些文献并没有类似发现。总的来说，试管婴儿技术诞生的后代出生缺陷的发生率是比较低，大约只有2～4% 。
瑞典Sahlgrenska大学医院的贝里(ChristinaBergh)在一次全球生殖医学会议上指出：科学家将自然受孕降生的孩童与采用体外受精和精子显微注射技术而出生的孩童进行了比较，结果显示在五岁的时候，两者在智力、语言和行为能力方面没有什么不同。
从生物学上讲，精卵自然结合的试管婴儿和人工授精的婴儿无任何差别，孩子在智力、体力方面是相同的。
此外，世界范围的研究表明，由试管婴儿分娩出生的婴儿其畸形的危险性并不比正常分娩出生的婴儿畸形的危险性高。任何自然妊娠中发生的胎儿畸形均可发生在试管婴儿中。
因此，我们可以认为，目前除了发现精子和卵子结合的环境与结合的方式不同之外，做试管婴儿出生的孩子和自然受精分娩的孩子无多大差异。
