pleconaril化合物
过去曾有人用一种化合物pleconaril来治疗肠病毒的感染，但此药物用于治疗新生儿与幼儿肠病毒感染的经验仍属不多，因为，此药物在新生儿的药物动力学、安全性与效用等方面都还在评估当中，因此仍属实验性的药物。
支持性疗法
而大部分的病患均采取支持性疗法，不需给予特别的药物，不过有时严重的疾病亦可能会需要用到呼吸照顾、心血管药物或血液成分的给予。
静脉注射免疫球蛋白
静脉注射免疫球蛋白曾被用于治疗新生儿肠病毒感染，主要理论是基于免疫球蛋白含有许多不同血清型的抗体，可提供有症状感染的病患所需的血清型专一性的抗体，因为缺乏中和抗体是造成新生儿肠病毒感染的危险因子之一。但是，由于过去研究的规模不大且受限于研究的方式，以致无法对于静脉注射免疫球蛋白用于治疗新生儿肠病毒感染的效用有一致的结论。至于是否有特别的抗病毒药物针对新生儿肠病毒感染，目前仍然属于研发的阶段。
