虽然自闭症的病因还不完全清楚，但目前的研究表明，某些危险因素可能同自闭症的发病相关。引起自闭症的危险因素可以归纳为：遗传、感染与免疫和孕期理化因子刺激。
引发自闭症的3大主因
1、遗传因素
双生子研究显示，自闭症在单卵双生子中的共患病率高达61%～90%，而异卵双生子则未见明显的共患病情况。在兄弟姊妹之间的再患病率，估计在4.5%左右。这些现象提示自闭症存在遗传倾向性。
研究显示，某些染色体异常可能会导致自闭症的发生。目前已知的相关染色体有7q、22q13、2q37、18q、Xp；某些性染色体异常也会出现自闭症的表现。如47、XYY以及45、X/46、XY嵌合体等。较常见的表现出自闭症症状的染色体病有4种：脆性X染色体综合征、结节性硬化症、15q双倍体和苯丙酮尿症。
每年均有新的关于自闭症候选基因的报道。近年来新报道的自闭症候选基因有clock，PRKCBl、CNTN4，CNTCAP2、immune gene、STK39、MAOA、CSMD3、DRD1、neurexinl、SLC25A12、JARDlC、Pax6。另有研究报道，在汉族自闭症患者中，NRP2基因存在遗传多态性。
繁多的候选基因提示了自闭症是一种多基因遗传病，即自闭症可能是在一定的遗传倾向性下，由环境致病因子诱发的疾病。
2、孕期理化因子刺激
受孕早期孕妇若有反应停和丙戊酸盐类抗癫痫类药物的用药史以及酗酒等，可导致子代患自闭症的机率增加。根据这些研究，对怀孕12.5d的大鼠一次性高剂量腹腔注射丙戊酸钠，其子代鼠表现出类似自闭症的行为学表现。还有研究发现，孕期大鼠暴露于反复冷冻刺激中，也会增加子代患自闭症的机率；对孕鼠进行反复冷冻刺激，其子代也表现出自闭症的行为学特征。
3、感染与免疫因素
早在20世纪70年代末就有研究发现，孕妇患病毒感染后，其子代患自闭症的机率增大。后来数个研究均提示，孕期感染与自闭症发生可能有一定的关系。目前已知的相关病原体有：风疹病毒、巨细胞病毒、水痘——带状疱疹病毒、单纯疱疹病毒、梅毒螺旋体和弓形虫等。目前推测，这些病原体产生的抗体，由胎盘进入胎儿体内，与胎儿正在发育的神经系统发生交叉免疫反应，干扰了神经系统的正常发育，从而导致了自闭症的发生。
如何预防宝宝自闭症
1、别把孩子过分封闭于一味学习的小圈内。 城市居住的现代化使许多人搬进了高楼，而一户一门的高楼容易给孩子造成封闭的环境。因此，应允许或鼓励孩子从高楼走下来到社区之中，与邻居或附近小朋友玩耍、交往，建立友谊。
2、注重情商的培育 ，情商即社会适应的综合能力。孩子仅仅是学习成绩优良是不够的，还须懂得接受别人并让别人接受自己，这也是爱的基本涵义。在培育孩子良好品德的同时，要教导孩子形成好的性情和情感。
3、尽量让孩子参加集体活动，集体活动包括邻居小朋友相邀的游戏，包括学校、班级统一组织的文体活动;包括祝贺同学生日、欢送老师等等。从集体活动中体验友谊、智慧与温暖。
4、为孩子的交友创造条件，不仅应允许孩子走下高楼、走出家门，也应允许孩子把小朋友请进家门。为孩子提供交朋友的机会，教给他（她）交朋友的艺术、方法与技巧。
5、培育孩子的自立能力，切忌父母事事包办，让孩子学会自己的事情自己做，而且有意让孩子碰碰钉子，尝尝苦头。以磨练孩子的意志力。
