外科手術能夠糾正解剖生理異常導致的隱睪，或者假如寶寶對激素治療沒有效果，也需要做外科手術將睪丸拉入陰囊。比如，如果一條纖維組織索帶阻擋了睪丸下降進入陰囊的通道，那麼這些組織就必須通過外科手術袪除。
如果寶寶同時還伴有腹股溝疝（這是隱睪常見合併症，即一段腸管向外或向下突出腹腔外，甚至進入陰囊），則必須進行手術治療。這種隱睪治療手術通常需要住院進行。
如果牽引睪丸的韌帶太短，可以通過手術加長。有時在外科手術中，醫生髮現韌帶在通過外科手術加長前還需要生長一段時間，那麼可能會在幾個月後再給隱睪的寶寶做手術。
