在胚胎的發育過程中睪丸的正常下降受到內分泌激素和物理機械因素的影響，影響睪丸下降的物理因素有睪丸繫帶由提睪肌的牽引作用腹內推壓睪丸降至陰囊內，正常的附睪發育也是睪丸下降的因素。
隱睪的異常位置停留的時間越長，所居位置越高，睪丸的損害越大，其主要不良後果包括：如果睪丸沒有下降到陰囊內，出生二年內還只有輕度的組織改變，包括生精小管變細，生精少，小管周圍組織 增強，間質細胞增加或減少而支援細胞增加，隨後的一年更明顯，表現為膠原纖維增寬、變密，加重小管的病理損害，進而致生殖母細胞轉化發生障礙。故出生後第二年時有38%患兒的睪丸沒有生殖細胞。
