樟腦是清涼油的主要成分之一，具有一定的毒副作用，樟腦進入人體後，正常人體內的葡萄糖磷酸脫氫酶會很快地與之結合，使之變成無毒物質，然後隨小便一起排出體外，所以它的毒副作用不會在正常人身上顯現。
但孕婦體內的葡萄糖磷酸脫氫酶的含量降低，懷孕3個月內若過多地使用清涼油，樟腦就會通過胎盤屏障進入羊膜腔內作用於胎兒，影響胎兒生長髮育，嚴重者可導致胎兒死亡。
嬰幼兒體內也缺乏葡萄糖磷酸脫氫酶，樟腦可以透過新生兒嬌嫩的面板和黏膜滲入血液，使紅細胞溶解成膽紅素，血液中的膽紅素含量過高，引起新生兒黃疸症，出現全身發黃、口脣青紫、棕色小便、不吸奶、哭聲微弱、嗜睡等，甚至出現抽風、驚厥等腦細胞受損的症狀，即使經過治療也可能使嬰兒腦功能受損。
其他人群在使用清涼油時要遠離眼睛，如果不慎進入眼睛要立即用清水沖洗。有滲出、糜爛的部位不能使用清涼油。因為如果皮膚有滲出、糜爛，清涼油有刺激作用，會引起明顯的疼痛。
