b超無害從原理上分析，b超是超聲傳導，不存在電離輻射和電磁輻射，是一種聲波傳導，這種聲波對人體組織沒有什麼傷害。但如果聲波密集在某一固定地方，又聚集很長時間的話，就會有熱效應，這種熱效應達到一定程度時，可能會對人體組織產生不良影響，影響細胞內的物質，包括染色體。
理論上是高強度的超聲波可通過它的高温及對組織的腔化作用，對組織產生傷害。事實上，醫學使用的b超是低強度的，低於94毫瓦/立方厘米，對胎兒是沒有危害的，至今尚沒有b超檢查引起胎兒畸形的報道。目前，各醫院在產科領域中使用的b超檢查對胎兒是安全的。
在整個懷孕期間，早、中、晚期各進行一次b超檢查是必要的。然而有些人對做b超的目的不明確，為了弄清楚孩子的性別，不惜到多家醫院反覆進行b超檢查。這對母嬰均不利。
很多超聲專家也提醒人們，與過去相比，現在孕婦接受超聲檢查的機會明顯增加了，並且隨着人們對超聲檢查精確度要求的不斷提高，現在產科超聲檢查的能量是十幾年前的8倍之多。而所謂的三維”、四維”b超，能量比普通二維超聲更高。有些診療機構還提供為胎兒照相甚至錄像的有償服務，這又增加了胎兒暴露在超聲中的時間。專家認為雖然目前沒有超聲檢查有害胎兒健康的證據，但是儘量減少胎兒的超聲暴露還是必要的。
一般認為b超是一種非侵入性的、對受檢者無損害的檢查，特別是相對於X線、核磁共振等檢查儀器來説，b超對人體是較為安全的。但超聲波畢竟也是一種能量形式，達到一定劑量時受檢者體內會產生生物效應，使發生生物效應的局部細胞受到損害。
國外已經有資料證明b超對胎兒有損害。有專家選擇懷孕7―8周並準備做人流的婦女，按其做b超檢查時間長短分為1分鐘、3分鐘、10分鐘3個組進行對照觀察。結果發現，做b超檢查之前，這些孕婦體內的胚胎髮育都很好；而做了b超檢查以後，除1分鐘的5例無變化外，其餘的胚胎的絨毛髮生了變形，表現細胞排列紊亂，細胞內出現泡狀結構，進一步的發展還可使胎兒畸形或發生流產。很明顯，b超對胚胎照射的時間越長造成的不良影響就越大。
在人體的多數器官中，損傷幾個細胞無關緊要，但如果是損害了生殖細胞或處於發育敏感階段的胚胎，則其後果是嚴重的。所以，孕期做b超儘量不要超過3次。早孕期間做婦產科b超對新生兒有一定影響，而妊娠中晚期做過婦產科b超的新生兒未見不良影響。因此，早孕期的婦產科b超檢查應該謹慎使用。
