板藍根味苦性寒，歸心、胃、肝、膽經。功能清熱解毒，涼血利咽。主治温毒所致的疾病，如流感、上呼吸道炎症、流腦、腮腺炎、急性腸炎、菌痢、肝炎、顏面丹毒、熱病發斑等。雖然藥理研究表明，板藍根對多種病毒與病菌有明顯的抑制作用，但不要忘記它是一味苦寒藥物。所以，對於上述疾病，只有出現温熱、熱毒、濕熱內盛證候時，才能使用。
少年兒童應該避免大劑量，長期服用板藍根。輔仁板藍根顆粒這樣的抗病毒清熱解毒藥，本來毒副作用很小，但是用的時間長了，吃的數量多了，就會積“藥”成疾，釀成後患。在臨牀中使用板藍根沖劑造成小兒過敏反應、消化系統和造血系統損害的病例屢見不鮮。服用“板藍根”等呼吸道疾病藥物時，有過敏史者一定要注意不要輕易服用。
對於小兒，千萬不能用成人劑量，更不能長期大劑量服用。如果在用藥中發生了過敏反應，首先應立即停藥，並迅速送往醫院；如是上消化道出血，除立即停藥外，還應禁食，並儘快送醫院處置。感冒大多由病毒感染所致，中藥板藍根雖有抗病毒的作用，但中醫學把感冒分為風寒型感冒和風熱型感冒兩大類，又由於季節的不同，感受外邪（致病因子）的不同，又有夾濕、夾暑、夾燥的不同，如果患感冒不分寒熱、虛實和夾雜，一味用板藍根治療，是不科學的。
