急性腎盂腎炎治療時宜儘早控制感染，卻除誘發腎盂腎炎的不良因素和對症處理。
（1）控制感染
及時選用適當的抗生素，不要等待尿培養結果和藥敏試驗回報，以免貽誤病情。一般首選對革蘭氏染色陰性桿菌敏感的抗生素，因為80％的腎盂腎炎是由此類細菌引起。或以尿沉渣塗片，革蘭氏染色後選擇抗生素。以抗生素的抗菌譜較寬的為好。且所選用的藥物在血中、尿中都有較高濃度，腎毒性低。用藥72小時無效時（症狀不減輕或尿檢無好轉）方換其他抗生素，不宜頻繁換藥。
要用夠療程，一般為10—14天，或症狀緩解後繼用藥3—5天。停藥後宜隨訪觀察，每週複查一次尿常規及尿細菌培養，6周後無膿尿及茵尿方可認為痊癒。如果療程短，治療不徹底，或停藥後不復查，有可能復發或轉為慢性，故用藥足療程和隨訪非常重要。
（2）卻除易惑因素
如用抗生素正規治療症狀得不到改善，膿尿或菌尿不消失，應積極尋找並治療誘發腎盂腎炎的因素——易感因素。如解決尿路梗阻，治療慢性病，糾正代謝紊亂等。
（3）對症處理
卧牀休息和高熱量、高維生素飲食有助於機體恢復，重要的是給予足夠的水分沖洗尿路，鼓勵多飲水以保持足夠的尿量。對尿急、尿頻、尿痛症狀明顯者，可給予顛茄、阿托品等解疼劑或採取針刺療法（取足三裏、關元、中極或三陰交等穴），以緩解尿痛及排尿困難。服碳酸氫鈉鹼化尿液，也有助於緩解尿痛等尿路不適。
