在女士患者中，有50%的人由於非淋菌性尿道炎而不孕，男性中因非淋菌性尿道炎產生不育的病例也在逐年增加。其主要原因如下：
1、非淋菌性尿道炎可導致精子畸形
導致精子畸形是造成不育的另一特徵，精子畸形率有時可達80%。
2、破壞精子
睾丸的曲細精管中有大量發育繁殖精子的生精細胞，當支原體衣原體從尿道、前列腺等部位進入睾丸曲細精管中，破壞生精細胞，使精子天生受到影響導致不育。
3、它能干擾精子運動
精子一定速度和頻率的運動是衡量精子能否受孕的重要指標。
