近來在臨牀上運用十分廣泛，現介紹於下：
1.鎮靜安神，治失眠症。 石菖蒲對某些中樞神經有抑制作用，能鎮靜安神、催眠，又有芳香化濁、祛痰濕的作用，對治痰熱內擾之不寐症有較好的療效。對於精神病患者亦有鎮靜和催眠作用。
2.醒脾和胃，治濕困脾胃症。本品含有揮發油，氣芳香，能促進消化液分泌及抑制胃腸異常發酵，故能醒脾和胃助運化，用治濕困脾胃症。濕困脾胃，健運失司，則胸悶腹脹，全身困重乏力，納呆口淡，或胸痞嘔惡。臨牀中，常用石菖蒲、鬱金、藿香等配伍。如連樸飲治濕熱中阻，藿香正氣散加石菖蒲治濕困脾胃，香砂六君子湯加石菖蒲、佩蘭治脾虛濕阻等，均取石菖蒲和中闢濁之功效。
3.豁痰開竅，治癲癇症。石菖蒲氣味芳香，能化濕濁，有宣竅祛痰濕的作用，適用於痰濕矇蔽、清陽不升而引起的神志不清、耳聾目昏、精神遲鈍等。
4.芳香闢濁，預防疾病。 石菖蒲氣味芳香，能闢穢化濁，有解毒驅邪之功，是我國古代勞動人民預防疾病的常用藥。古人有在端午節用鮮石菖蒲、鮮艾葉掛在門窗上的習俗，作為預防瘟疫之用，皆取石菖蒲芳香闢濁、解毒驅邪的功效。
5.理氣活血，治關節疼痛。石菖蒲味辛，能理氣活血，祛風宣濕，用治風濕痺阻、關節疼痛，或跌打損傷之瘀腫疼痛症，臨牀常用鮮石菖蒲、生薑、梔子等搗碎，敷於疼痛局部，有消腫止痛的作用；若將藥搗碎後加適量白酒在鍋內炒熱後再敷於痛處，效果更佳。
