肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克隆病，溃疡性结肠炎更少见。直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。
有人推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因。在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，男青年较女性增生明显。由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎，这可解释男性青壮年为何肛瘘发病率较高。而女性肛管导管较直，不如男性弯曲，分泌物不易淤积，所以女性肛瘘发病率较低。人到老年，与其他皮脂腺普通萎缩的同时，肛腺也随之萎缩，故老年人肛瘘少见。
对于女性肛瘘患者的治疗中，可见肛周皮肤有一个或多个瘘口，外口可有外突的肉芽组织，浅表肛痿在内外口之间可摸到条索状物，挤压有脓性物排出。一般的女性肛瘘的临床表现有以下几种：
1.有肛管直肠周围脓肿史，管道外口有反复溃破流脓的特点，有间断性肿胀、疼痛。
2.癀口溢脓：脓液稀薄，或多或少，时有时无，或排气，或有粪便流出。急性炎症期溢脓较多，脓稠浊带有臭味，伴有发热。
3.肛周湿痒;由于脓液刺激，局部潮湿、瘙痒，可见湿疹样改变。
4.排便不畅;见于复杂性肛瘘，肛管纤维化狭窄。
