一般感染後3天～5周發病，初爲小丘疹或皰疹，表淺性糜爛或潰瘍，男女均發生在外陰，單個或多個，若不治療，經過1周～2周自愈，痛苦不大，不留瘢痕，往往忽視求醫。個別病人也可以發生在肛門、口腔、手部，可伴有附近淋巴結腫大，經過1周～3周或半年後，多數病人出現兩側腹股溝淋巴結腫大，由孤立、散在、硬結、腫脹、疼痛形成粘連團塊，表面皮膚呈紫色和青色，數週後腫大，淋巴結塊中間化膿，觸及波動感，接着自然破潰，不斷流大量膿液，長期不愈，故稱“橫痃”。同時在陰部、肛門、直腸等處，可發生同樣病變，以致引起腹痛、腹瀉，甚則肛門狹窄，排便困難，出現淋巴炎時，全身伴有輕重不同的症狀，如發燒、寒戰、頭痛、嘔吐、關節痛、倦怠、肝脾腫大等虛弱症狀。
性病性淋巴肉芽腫病程1年～2年，或更長時間之後，生殖器由於淋巴管慢性炎症，而致橡皮樣腫，其皮膚表面可呈疣狀增殖及息肉樣生長，也可出現直腸陰道疹，並在該區組織破壞形成毀形性潰瘍及瘢痕，直腸、肛門狹窄，變形更爲嚴重，甚則發生癌變。
