一、陰莖發育不良和陰囊後陰莖
陰莖發育不良極爲少見（文獻中至今只報道了３６例），而且可伴發其它泌尿生殖器官的異常和腸道下部異常。此種異常系外生殖器胚胎髮育中的障礙所造成，目前尚無滿意的藥物或手木治療能使其陰莖具備完善的功能，因此應當果斷地決定將其性別確定爲女性，並用手術切除其睾丸，作人工陰道成形術。於青春期時開始應用雌激素，以促進其形成女性習慣和第二性徵。
發生於陰囊後的陰莖（即“陰囊後陰莖”），其表現開始時和陰莖發育不良十分相似。文獻中已經報道的陰囊後陰莖病人共１５例。此種病人也可伴有尿道異常：陰莖在解剖上可能是正常的，但其位置卻是異常的。這也可能反映了不同程度的胚胎發生障礙。對部分病入來說，應用外科手術可能將陰莖復位於陰囊前部。
二、雙陰莖
雙陰莖是一種少見的男性外生殖器異常，估計每出生５５０萬人僅出現１例雙陰莖者。Wilson１９７３年在一篇綜述中引證了１０８例此種病人。典型的雙陰莖患者，僅有一個陰莖有功能，並有尿道，因此，只有在給病人進行詳細的泌尿系檢奎，弄清尿道開口以後，才應作適當的外科手術治療。
三、小陰莖
雖然許多父母對自己孩子陰莖的大小都很關心，但實際上小陰莖並不常見。嚴格地說，小陰莖是在胚胎中形成的，它主要表現爲大小的異常，而並非形狀的異常。小陰莖的尿道口位置是正常的，可區分陰莖的頭部和體部；睾丸的大小可能是正常的。小陰莖的病因尚不清楚，不過有時似乎與妊娠後第４～９個月期間雄激素分泌不足有關。在某些情況下，小陰莖也可出現於其他疾患中，這些疾患表現爲下丘腦或垂體的異常（例如無腦畸形，先天性垂體缺如，Prader-Willi氏綜合症，Kallman氏綜合症和Meckel氏綜合症）或是睾丸異常，或是染色體異常；而另一些小陰莖病人也可見於健康嬰兒。
