大明中期，程朱理學興盛，禮教苛嚴，女子地位地下，貴族女子不得拋頭露面，即使生病，也要謹遵男女有別，以致於隱疾難治，而女子從醫則更是容易被世人議論爲“三姑六婆”，名聲不雅。明英宗朱祁鎮繼爲皇位，孫太后輔政，英宗年少荒誕，親信東廠太監頭目曹吉祥，孫太后以此爲由遲遲不肯歸政。徐侍郎家大擺壽筵爲太夫人賀壽，實則是以賀壽爲由爲徐家公子挑選兒媳，各家小姐爭相展現才藝，安和郡主汪美麟才藝出衆，贏得衆人喝彩，只有杭允賢一人不爲所動。代父送禮的允賢被徐府院子裏的一株藥草鐵皮石斛吸引，在採摘藥草的時候，婢女紫蘇被陌生男子挾持，允賢發現對方身中劇毒，性命垂危，不但不計前嫌，反而施以援手，將鐵皮石斛贈給對方解毒。原來這名陌生男子是鋮王朱祁玉，孫太后想將鋮王立爲新君，曹吉祥唯恐東廠地位因此受到撼動，遂揹着皇上派人追殺鋮王。東廠的人闖入徐府搜捕，混亂中，徐太夫人突然中風，衆人皆手足無措，唯有通於醫理的允賢鎮定施救，施針放血，及時救回徐太夫人的性命。汪美麟在其父汪國公的授意下假裝暈倒避人耳目，隨後偷偷找到鋮王，將其藏在自己的轎中帶出徐府。救了人受到衆人高度讚揚的允賢回到家卻招來父親的一頓家法，因允賢違反了“族人不得從醫”的家訓——譚家祖上爲御醫，卻因被奸人陷害而遭遇滅頂之災，允賢的爺爺爲了庇護家人上吊自殺，以此謝罪，允賢的哥哥也在逃亡的途中不治喪命。譚家從此改名換姓，換爲杭姓，允賢的父親也因此入軍職，以期立下軍功早日晉升，在朝堂上爲家族洗清冤屈。雖有家訓如此，但允賢天資聰穎且熱衷學醫，允賢的奶奶亦不忍譚家醫學自此失傳，遂默許允賢自幼隨其學習醫理。
救完於夫人，允賢同鄭齊乘馬車返回永慶庵，途中允賢的一番“勸解之辭”竟意外惹怒鄭齊，鄭齊不顧允賢棄馬車而去，允賢只好打定主意自己架馬車回去，不料馬卻突然受驚失控，允賢陷入險境，正巧路過的祁鈺出手相助，躥上馬背，抱住馬脖子，用手矇住馬的眼睛，使馬鎮靜下來，助允賢脫離了險境。允賢欲謝救命之恩，祁鈺卻率先發現自己救的正是當日贈藥草相助的善良女子，允賢也從祁鈺手中的那株“鐵皮石斛”記起當日情形。二人正巧都要前往永慶庵遂同行，允賢發現祁鈺碰到傷口，於是將自己的絲帕贈予祁鈺擦拭傷口。祁鈺臨時改變行程，與允賢別過，得知允賢姓“杭”，推測允賢是杭將軍的女兒，並從絲帕上知道允賢名中有一“賢”字。祁鈺拾到允賢摔壞的玉簪，問了隨從京城中最好的珠寶鋪子，打算送去修理或仿製。於大人攜於夫人到訪杭府，欲謝允賢救命之恩，允賢本擔心於大人向父親言明她再次私自行醫救人的事實，非常緊張，但於大人此次竟比當日豁達開明得多，不僅幫允賢隱瞞了真相，還向杭父坦言想要認允賢爲義女的意向，杭父應允，於杭兩家自此結爲通家之好。於夫人請允賢到於府做客，並將允賢以義女身份介紹給其閨閣好友，得知允賢懂得岐黃之術，衆夫人小姐竟一番譏諷，但允賢心思聰穎，不僅不生氣，反而巧用美容養顏的“七白膏”化解了尷尬，並答應給各位夫人小姐製作七白膏相贈。祁鈺派小廝給允賢送回玉簪和絲帕，紫蘇見此情形拿允賢與那位朱祁鈺朱公子打趣，見祁鈺如此赤誠，允賢也不免芳心萌動。太后私下見祁鈺，並示明欲立他爲新君的意圖，而祁鈺卻感念於與皇兄朱祁鎮的情誼以及恪守爲人臣子的本分斷然拒絕，太后因此大爲惱怒，當即命人對祁鈺施加了一頓皮肉之苦。
除夕當天，祁鈺與允賢、吳太后及太上皇一家相聚團員，本是闔家歡喜之際，吳太后卻屢屢陰陽怪氣地諷刺上皇、指責允賢，祁鈺因而氣惱不已，又吐了血。除夕之夜，下起了雪，允賢站在宮殿外看雪，上皇走到允賢身邊，憶起那年在允賢家的後院與允賢一起雪中起舞，同賞煙花，共度除夕，並用腳在雪上寫下朝鮮語“扎基亞”，對允賢道了聲珍重，後回自己宮中與妻兒團圓。除夕之夜，允賢一直守在祁鈺身邊，入夜已深，祁鈺突然開始止不住地大口吐血，允賢急忙給他扎針止血，並讓人速去請程村霞，可還是晚了一步，祁鈺一命嗚呼。祁鈺在除夕之夜病逝，吳太后認定是允賢醫術不精才害死了自己的兒子，要讓允賢殉葬，允賢則因爲太過悲傷，又被吳太后推到在地，不幸小產。孫太后及靜慈師太以“允賢性命受到威脅”作爲誘餌，設計讓英宗復位，孫太后還主動解開了與英宗多年的誤會，向他說明所謂的“殺母之仇”不過是王振當初爲了取得他的偏信而編造的謊言。英宗重新登基，下令廢除殉葬制度，實行女醫制度。允賢放不下祁鈺與她還未出世的孩子見濟的死，無法面對英宗的一片深情，也厭倦了宮中戰戰兢兢的生活，離開皇宮遠走天涯，寄情山水，懸壺濟世。其師兄程村霞亦卸官做了遊方郎中，與允賢在民間重逢，叮囑允賢寫完她那本《女醫雜言》一定要給他留一本。錢皇后去世後不久，太子見深即皇位，英宗終於得以卸下心中重擔，到宮外去尋找允賢，希望與她共度餘生。在允賢及醫女們的共同努力下，也在英宗的盛德感召下，明朝不僅官方建立了女醫制度，世人亦漸漸地接受了女子行醫，女子患病不用再受限於男女大防，隱疾得治，性命也因此大爲增長。
