乙肝小三陽患者的治療主要分爲兩部分，主要是保肝治療和抗病毒治療。
第一部分是保肝治療。保肝治療適用於肝功轉氨酶升高，這樣的患者。轉氨酶大於二倍以上，建議應用保肝藥物。首選甘草酸製劑，如還原型谷胱甘肽、多烯磷脂酰膽鹼。
第二部分治療是抗病毒治療，乙肝小三陽的患者乙肝病毒DNA陽性＞10^4copies/ml，肝功出現異常，男性患者大於40歲，都建議進行抗病毒治療。乙肝抗病毒治療首選兩種藥物：
1、干擾素類的藥物，干擾素分爲長效干擾素和短效干擾素。長效干擾素爲一週一次應用，皮下注射。短效干擾素爲隔日一次應用，皮下注射。
2、抗病毒藥爲口服的核苷類似物，目前首選替諾福韋或恩替卡韋。要特別注意，用藥需要在藥師指導下服用，切勿私自服藥。無論選擇哪一種治療，都建議去三甲醫院規範的進行。
另外乙肝小三陽的患者要及時去醫院檢查，並在醫生的指導下積極治療。另外，在小三陽的治療期間，注意不抽菸，不喝酒，積極配合治療。
