患兒必須隔離，食具的消毒可在開水中煮沸15分鐘，玩具可給予易於消毒的木製或塑料製品。大便的處理，可以大便1份，漂白粉1/4份，放在痰盂裏攪勻後加蓋2小時再倒掉，牀單被褥可在日光下曝曬6小時。
患兒應臥牀休息。腹痛時腹部可放熱水袋。嬰幼兒大便有裏急後重時，可讓大便解在尿布上，不要求坐起在痰盂裏解便，這樣可防止肛門直腸脫垂。每次大便後用溫水洗淨臀部，並用5%鞣痠軟膏塗於肛門周圍的皮膚上。如有脫肛時，可用紗布或軟的手紙塗上凡士林，托住脫垂的肛門，一面輕輕按摩，一面往上推，即可復位。
嘔吐頻繁時，可短期禁食，或給予靜脈補液。然後給予糖鹽水、少油膩的流質，如藕粉、豆漿等。待病情好轉，即應及早進食。這時可以給予少渣、易消化的半流質，如麥片粥、蒸蛋、煮麪條等，牛奶易引起腹瀉脹氣，應予限制，待大便成形後可適當增加。應多補充水分。在恢復後期，應設法引起患兒的食慾，也可以食前半小時先服消化酶類藥物如胃蛋白酶等，並在飲食中增加營養和蛋白質，開始可少食多餐，逐漸增加，防消化不良。
慢性菌痢患兒需要灌腸時，應對患兒做好解釋工作，爭取患兒配合，不致使藥液流出肛門，同時在灌腸前先將大小便排空。
大便作細菌培養採取標本時，應選膿血及粘液較多的地方，留好標本後應立即送驗，以提高準確性。若連續3次送驗均爲陰性，可解除隔離。密切注意患兒病情變化及大便性質、次數，如患兒出現高熱、面色蒼白、四肢發冷或有嗜睡、譫語、煩躁不安時，應立即到醫院就醫。
