緊急避孕藥的作用機理是抑制排卵；阻止受精；阻止受精卵在子宮內膜着牀。
而避孕藥副作用視個人自身情況而定，一般包括噁心、腸胃不適、頭痛、乳房壓痛、體重微增、神經緊張、情緒低潮、月經不來、皮膚易有褐斑和粉刺等現象。此外，避孕藥也可能會造成癌症，如乳癌、子宮頸癌、肝臟腺瘤。而緊急避孕藥由於劑量的問題，一旦服用過量，副作用會更加明顯。因此醫學上有明文的規定，避孕藥一定要儘量少服用。規定一個月最多隻能服用一次，一年不能超過三次。
一個月內反覆多次服用，個別人甚至當成一般避孕藥經常服用，結果等於過量服藥，對身體健康自然會造成損傷。並且緊急避孕藥對月經週期有一定改變，可能提早或延遲，多次服用會導致月經紊亂、出血延長。如果在服藥過程中出現了異常，應該到醫院檢查。
如果本來肝腎的代謝系統或者凝血系統就有問題者，應儘量勿服用避孕藥。而腦血管病或冠心病、高血壓而未治療、糖尿病並有血管問題、大於35歲且抽菸、已懷孕或可能懷孕、肝臟疾病、腸吸收不好等情形的人也應慎重服用。
一個月內只能使用一次緊急避孕藥，但有些新婚夫婦卻往往在一個月內使用兩次，甚至更多次的緊急避孕藥。對此，醫學專家提醒大家，計劃生育是夫妻間一項“系統、長期的工程”，不應寄希望於經常使用緊急避孕藥，超量及頻繁使用可能會給身體帶來損害。
所以女性朋友們要注意了，雖然緊急避孕藥是在無避孕或避孕失敗的房事後短期內採用的防止懷孕的短效補救措施。但它會嚴重危害到女性朋友的身體健康，只能偶然使用，並且只對前一次房事有補救作用，對服藥後的房事沒有效果，不能代替常規的避孕方法。
