尿道外口狹窄
尿道狹窄分先天性和後天性，其症狀可因其程度、範圍和發展過程而有不同，主要症狀是排尿困難。
尿道下裂
尿道下裂是一種常見的男性先天性畸形，不少病例有家族性。其特點是尿道發育不全，尿道外口位置異常，以及陰莖向腹側彎曲。對尿道下裂病人而言，由於尿道口異位和陰莖彎曲主要帶來性生活和排尿困難，精神上與生活上的痛苦同時存在，因此應採取積極的治療態度。對此類病人的診斷並不十分困難，根據尿道開口位置的不同可將其分爲陰莖頭型、陰莖型、陰囊型及會陰型，並根據引起彎曲的病理組織情況將陰莖彎曲的程度分爲1～3級。
包莖及包皮過長
兩種畸形的包皮雖然都覆蓋陰莖，但是有包莖者其包皮不能翻至龜頭以上。新生兒的包皮與陰莖的粘連一般在出生後2～3年就可自
生殖器官短小
生殖器官先天性發育不良或外傷後部分斷離，從而造成生殖器官明顯短小，生理反應(即勃起時)達不到正常人長度者。生殖器官短小的人，其第二性徵發育多較差，陰莖多存在勃起障礙，嚴重者甚至還有排尿困難。
精索靜脈曲張：因精索靜脈血液淤積而造成精索蔓狀叢血管擴張，迂曲或變長。這種病多數是由精索內靜脈血液返流引起，主要症狀是站立、行走過久或重體力勞動後，出現陰囊下墜、脹痛、陰囊內曲張靜脈形似蚯蚓團塊。患者畸形精子增加，可導致不育。
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隱睾
一側或兩側睾丸未降入陰囊而停留於下降途中任何部位。在陰囊裏找不到睾丸，就發生了隱睾症。雙側隱睾可造成男性不育;單側隱睾也會影響生育能力，還易發生惡性病變。目前臨牀上爲方便診斷，把隱睾劃分爲五個類型，即：睾丸下降不全型、睾丸發育不良型、垂體功能不全型、攣縮性睾丸以及睾丸異位。
鞘膜積液
是鞘膜分泌過多或吸收過少致陰囊液體貯積所形成。炎症、外傷、腫瘤等陰囊和睾丸病變均可引起鞘膜積液。根據發生的部位分爲四類：一是睾丸鞘膜積液;二是交通鞘膜積液;三是精索鞘膜積液;四是混合鞘膜積液。
陰莖的彎曲畸形
先天性陰莖彎曲是因陰莖海綿體發育障礙所引起的畸形，陰莖呈向股側彎曲。根據病變組織的部位與性質將先天性陰莖彎曲劃分爲三類，即：尿道海綿體及其周圍筋膜缺如型、筋膜與白膜發育不良型和內膜發育不良型，其中以尿道海綿體缺如型的彎曲最爲嚴重。本病病人的主要症狀是陰莖彎曲，同時伴有排尿及性生活障礙。
