目前各大醫院對於治療尖銳溼疣的方法都不一樣，有的主要通過內服或者外敷藥物治療，有的通過激光，冷凍來治療，其實這些治療方式都可以進行統一分類。對此北京長虹醫院泌尿科的專家總結得出，尖銳溼疣的治療大體上分爲藥物治療和物理治療(激光、冷凍、微波)，藥物治療適用於比較小的疣體，一般應小於黃豆大小，大於蠶豆的疣體如使用物治療，則治療時間較長，患者多不願接受。
專家表示，比較小的尖銳溼疣(尤其是疣體數目較多的情況)採使用物治療比物理治療具有很大的優勢(這裏所提到的藥物治療專指藥性溫和、無腐蝕性的藥物)，這種優勢體現在以下幾個方面：
1、藥物治療給患者帶來的痛苦要比物理治療小一些。物理治療在臨牀上用得最多的爲激光治療，激光治療術前要注射麻藥，治療時用高能激光束燒焦疣體，使其碳化，數天後焦化疣體脫落。因外陰部神經豐富，患者通常要忍受比較強烈的疼痛;相對於激光治療，藥物治療所帶來的痛苦要小得多，大多爲輕微的不適感，有些患者會在上藥時感到疼痛和發癢的感覺，通常比較輕微。
2、藥物治療恢復時間短。物理治療從治療開始——創面完全癒合——創面處皮膚恢復正常，整個過程約需要20天左右，而藥物治療整個過程只需要幾天時間。藥物治療對皮膚的損傷要小一些，疣體脫落後創面恢復時間短，一般只須1-3天。治療後創面恢復時間越長，說明所受損傷越嚴重。對此北京長虹醫院泌尿中心專家表示一定要及時撥打電話010-65085683與大夫及時溝通。
3、藥物治療後發生感染、留疤痕的可能性要比物理治療小。而發生感染則容易引起下一次尖銳溼疣復發，這也是物理治療容易復發的一個原因。
4、藥物治療在去除疣體以後，還可以治療疣體周圍的病毒感染即尖銳溼疣亞臨牀感染，有效抑制尖銳溼疣復發。激光治療方法雖然理論上可以用淺表凝固法治療亞臨牀感染，但在實際臨牀中卻很難開展這項工作，因爲可能會因操作不當給患者造成廣泛糜爛，故多數醫院不願冒此風險。
專家提醒：如某些患者治療心切急於求成，擅自加大塗藥量，則可能造成不應有的副作用。如果對藥物性質不瞭解，購買了腐蝕性治療藥物，更可能燒傷皮膚粘膜，留下疤痕，並且容易反覆復發。
