新版《藥品目錄》將《國家基本藥物目錄》內的治療性藥品“全盤接收”，並統一列爲甲類藥品。統籌地區對於甲類藥品，要按照基本醫療保險的規定全額給付，不得再另行設定個人自付比例。由此，就做到了新醫改實施文件要求的“基本藥物報銷比例明顯高於其他非基本藥物”。對於乙類藥品可根據基金承受能力，先設定一定的個人自付比例，再按基本醫療保險的規定給付。
