1.新生兒小陰莖多在lcm以下，甚至有不足0。5cm者，青春期或成年期均短於5cm，橫徑亦小。陰莖外觀大致正常，尿道正常並開口於陰莖頭部。
2.陰莖勃起無力或不能勃起，絕大部分不能性交。
3.睾丸、陰囊及前列腺發育不全。
4.第二性徵不發育，如無鬍鬚、腋毛及陰毛稀少，無喉結，部分病人有乳房增生。
5.嚴重的小陰莖可出現排尿困難。對小陰莖者需行系統的內分泌檢查包括絨毛膜促性腺激素刺激試驗，以檢測有無腦垂體或睾丸功能不良，放射免疫法測定性激素顯示血漿睾酮(T)及雌二醇(E2)濃度均低，E2及T均高。睾丸活組織病理檢查表現爲生精小管上皮發育不良，基底部玻璃樣變或纖維化，無成熟的精細胞。檢查染色體核型以除外性別異常。特發性小陰莖內分泌檢查正常。
合理而適時的使用藥物及按時隨訪觀察是非常重要的。部分病人用絨毛膜促性腺激素也有療效。手術治療適用於已確定男性的患兒，採用陰莖延長整形術，其目的是使陰莖獲得最大的長度。
不少男孩會跟別人比陰莖，有時會比出不愉快來，因爲有些人天生是比較小的。陰莖大小有什麼標準的嗎？
