1992年2月發行精選輯《十年情歌收藏盒》及《十年原聲劇情片》；3月，正式加盟飛碟唱片公司並自組音樂工作室（越石音樂），潘越雲開始學習製作唱片的知識；8月，發行個人第二張臺語專輯《純情青春夢》（也是在滾石的最後一張專輯）；11月，發行專輯《心的誘惑》並於政大舉辦個人單場校園演唱會。1993年6月，發行專輯《癡情》，憑藉此專輯在次年3月入圍第6屆臺灣金曲獎最佳國語女演唱人獎，其中收錄的歌曲《癡情不是一種罪過》成爲瓊瑤電視劇《梅花烙》片尾曲。1994年2月，發行個人第三張臺語專輯《孤單》，這也是潘越雲自己參與制作的第一張專輯；3月，發行個人第一支單曲音樂錄像帶《爲愛拖磨一世人》；10月，發行單曲《七重門》，收錄於《兩個永恆電視主題曲全輯》合輯；11月，發行專輯《秋天》，這也是越石音樂的最後一張作品。1995年5月，爲懷念鄧麗君的離開，潘越雲與張學友、艾敬、齊秦等歌手合唱單曲《星願》，收錄在《再見、我的愛人》合輯；五月錄製《星願全新版本》，收錄於《星願》合輯；11月，與飛碟旗下歌手合唱單曲《相親相愛》，收錄於《相親相愛》合輯。1996年12月，出版個人首本樂譜《滾石情歌經典樂譜第四冊天天天藍》。1997年1月，發行專輯《該醒了》，出版第二本樂譜《滾石情歌經典樂譜第五冊純情青春夢》。
1999年3月，,正式加盟原動力唱片公司；同時潘越雲第一張EP專輯《祕密情歌》結合書籍《布達拉宮的祕密》發行；4月，發行專輯《拍拍屁股去戀愛》；11月，發行精選輯《唯一潘越雲》；12月，發行個人第一張VCD專輯《疼愛潘越雲》。2000年3月，實驗性作品風格的“溫柔潘越雲”網站成立。2001年5月，受邀參加金曲獎頒獎典禮，並與各衆歌手在現場演唱單曲《明天要更好》；8月，舉行個人首次PUB演唱會《A-Pan in live》；11月，發行專輯《真情女人》；12月，爲容祖兒《謝謝你愛我》專輯跨刀獻聲。2003年4月，參與發行合輯《簡單情歌二男人真幸福》，與陳昇、阿B合唱單曲《把悲傷留給自己》；4月，參與合輯《大愛劇場三音樂精選》的發行，在其中演唱單曲《問心》；11月，CD、XRCD、SACD、K2CD、LP同步發行專輯《舊情人》，該專輯獲得臺灣經濟部2004年商業創意設計競賽《專業組商品應用類佳作》。2004年1月10日，在臺北國父紀念館舉辦出道以來第一場售票演唱會“行雲20演唱會”；2月9日至15日，與黃安攜手舉行懷舊演唱會；11月，發行個人首張Unplugged專輯《情歌》，專輯CD、XRCD、SACD、K2CD、LP同步發行。
2006年，作爲唯一一位臺灣評委參加了CCTV第12屆青年歌手大獎賽；6月，發行單曲《落花》，收錄於《神鵰俠侶》電視原聲帶；8月，發行個人第一本圖文書《淡水情歌》；同年，在馬來西亞雲頂舉辦演唱會。2007年1月，在網絡公開單曲《遺憾》（與邰肇玫合唱）；8月，發行發燒唱片《潘越雲》，整張專輯十首歌曲不經剪接、現場同步錄音一路到底 。2008年11月16日，在臺北西門河岸留言舉行潘越雲賞聽會；12月31日，和文章在上海聯合舉行“越章”’演唱會。2009年加入大國唱片，發行單曲《面朝海子》。
