男性不育是一種病因較爲複雜的疾病，據不完全統計，對臨牀病例的病因按照常見程度進行以下排名。
1、先天性身體缺陷
排名第一位的男性不育病因即先天性身體缺陷，以陰莖、尿道、睾丸的先天性發育異常較爲常見，如隱匿性陰莖、無陰莖、尿道上裂或下裂、先天性尿道憩室、無睾症、隱睾症等。也有一部分不太常見的生殖系統病症如先天性輸精管阻塞、精囊發育不全、前列腺發育不良等，是導致男性不育的一類主要病因。
2、嗜煙酗酒等不良生活習慣
研究顯示，男性每天吸菸30根以上，其精子存活率只有49%，雄性激素的分泌量比不吸菸的男性要減少16%～47%。並且男性酗酒的患者，其精子活力會大大降低，這些不良影響均可引發男性不育的不良後果。
3、不良飲食習慣
男性不健康的飲食習慣，如偏食、暴飲暴食等，很容易造成體內營養搭配不均衡，導致鈣、磷、鋅、硒等物質大量缺失，進而影響精子的數量和質量，最終誘發男性不育的不良後果。
4、環境污染
不斷惡化的生活環境使空氣、水源、食物等人類生存所必須的物質受到不同程度的污染，這些污染物一旦進入男性體內，就很可能影響精子的發育，進而大大增加畸形精子的數量，使男性生育功能受到損害。
