由於新鮮的金針菇中含有秋水仙鹼，人食用後，輕易因氧化而發生有毒的二秋水仙鹼，它對胃腸黏膜和呼吸道黏膜有強烈的刺激作用。
一般在食用30分鐘至4小時內，會涌現咽乾、噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉等症狀；大量食用後，還可能引起發熱、水電解質平衡雜亂、便血、尿血等嚴重症狀。
秋水仙鹼易溶於水，充分加熱後可以被破壞，所以，食用鮮金針菇前，應在冷水中浸泡２小時；烹飪時把要金針菇煮軟煮熟，使秋水仙鹼遇熱分解；涼拌時，除了用冷水浸泡，還要用沸水焯一下，讓它熟透。
另外，市場上出售的幹金針菇或金針菇罐頭，其中的秋水仙鹼已被破壞，可以放心食用。
但是，金針菇並非人人咸宜。傳統醫學以爲，金針菇性冷，脾胃虛冷、慢性腹瀉的人應少吃；關節炎、紅斑狼瘡患者也要慎食，以免加重病情。
