隱睾症的睾丸在出生六個月後，電子顯微鏡下即可發現不正常的變化;在一歲以前，正常下降睾丸與隱睾的造精細胞數量約略相等;但是兩歲之後隱睾的造精細胞數量明顯減少，有五分之一的隱睾已經喪失造精細胞;到了成年期，大概所有的隱睾的造精細胞都已經消失了！另外，兩側隱睾之不孕機率遠高於單側隱睾。
過去，多數的專家認爲應該在一歲至兩歲之間施行手術，將未下降之睾丸拉至陰囊內，這就是睾丸固定術。現在有許多人基於電子顯微鏡下的不正常的變化，認爲應提早到六個月大就手術。這個手術是在患側腹股溝做一個橫向切開，由此傷口找到睾丸、血管與輸精管，再將血管與輸精管外圍之腹膜與結締組織剝離，此時血管與輸精管的長度變長，使得睾丸有足夠長度可以順利帶入陰囊。此時在陰囊做另外一個切口，將睾丸固定於陰囊內。
腹腔內隱睾症患者，由於睾丸深藏腹腔內，因此必須將腹腔打開找睾丸，傳統手術傷口較大，破壞也多。腹腔鏡的應用避免了此一問題。腹腔鏡可在腹腔內將血管與輸精管外之腹膜與結締組織剝離，使血管與輸精管長度足夠帶到陰囊。目前是腹腔內隱睾症之最佳手術選擇。另外有少數人其實睾丸已經退化萎縮，外觀一如普通隱睾症患者。觸診或是其他檢查也是察覺不到睾丸，快速的腹腔鏡檢查可以避免徒勞無功而且耗時的腹股溝或是腹腔探查手術。
除了手術外，也有人用荷爾蒙來治療隱睾症。其中較常用的是脈絡膜親生殖腺素 （human hCG） 或 LH-RH鼻噴劑。其作用方式不外乎刺激睾丸下降，可惜成效只有10%不到。所幸睾丸固定術在有經驗的醫師處理下成績還算理想，大部分病人只需門診手術不用住院。傷口照顧也很簡單，約一週可恢復。手術後一個月內只需避免劇烈運動以免傷口出血受傷。日常生活起居一如往常。少數腹腔內隱睾症患者，因爲需將腹腔打開找睾丸，這類病人才必須住院。
隱睾症可能發生的其他後遺症包括了睾丸惡性腫瘤、疝氣、與因爲少了睾丸所引起之心理異常。雖然隱睾症引起睾丸惡性腫瘤的機率很低﹝低於0.1%﹞，但是相較於正常下降睾丸之罹病率仍然高了二十到四十倍，而腹腔內隱睾有更高比例引起睾丸惡性腫瘤。這些腫瘤通常在三十歲之後才發病。有研究顯示較早接受睾丸固定術者，似乎有較低之睾丸惡性腫瘤罹病率，而較晚才接受睾丸固定術者，睾丸惡性腫瘤罹病率就與不接受手術者沒有差異了。因此睾丸固定術可能對減少睾丸惡性腫瘤有一定程度的幫忙。
合併疝氣的隱睾症也不少見。由於疝氣可能會造成嵌頓（即腸子卡在腹股溝，造成血液循環受阻），因此必須愈早手術解決愈好，因此一但有合併疝氣的隱睾症，兩者必定同時解決，而手術時機也可能因此而提早。因爲隱睾症造成陰囊外觀異常所造成的心理困擾，有可能在大一點的小朋友發生，因此睾丸固定術不但能治療生理問題，也可能對此類心理問題有幫忙。有人認爲將睾丸固定到陰囊可以避免睾丸在鼠蹊部較容易受外力傷害的問題。
總之，睾丸固定術對隱睾症而言，有幾個好處：可能減少不孕症的機會，也可能減少睾丸惡性腫瘤罹病率，它可以解決合併發生的疝氣，對隱睾症造成陰囊外觀異常所造成的心理問題有幫忙。但是不要忘記，這些好處在六個月到二歲之間手術纔有。早期發現，早期診斷仍是避免後遺症的不二法門。
