性恐懼大多是繼發性的，是條件反射或行爲學習機制在起作用。已經發現，一些性恐懼的患者常常缺乏最基本的性知識。
由於對性的無知、諱忌和神祕感，因而對性交產生恐懼。其次，早年的性創傷經歷也是引起性恐懼的重要原因。如被強姦者、被性騷擾者，性的活動與痛苦反應已緊密相聯，形成牢固的條件反射。一旦涉及性交等性活動，令人不寒而粟的不幸經歷便會在腦中回現，同時也產生相應的恐懼及生理反應。
夫妻之間不正常的性生活亦可引起性恐懼，如性交時一方施虐或過於強暴的舉動，致使另一方受到身體損傷或心理損傷，便有可能發展成爲性恐懼。有些婦女，原來有正常的性活動，但由於曾難產，或避孕失敗曾人工流產等原因產生了性恐懼。
