從人體生理與解剖來看，孕育胎兒的子宮腔，與陰道僅以子宮頸相隔，子宮頸平時緊閉，可以有效地防止細菌侵入，以保證孕期胎兒有一個理想的生長環境。人工流產時，必須先經過金屬器械擴開緊閉的宮頸後，帶負壓的吸引管才能進入官腔內將植入子宮內膜的幼小的胚芽吸出。
由此可見，即使操作本身不失誤，也可能引起子宮頸口鬆弛及內膜創傷。多次人工流產或操作不慎就更可能損傷宮頸，以致子宮頸肌肉及纖維斷裂而形成疤痕，常會引發難以治癒的習慣性流產。多次人工流產可因擴張過度爲細菌入侵大開方便之門，輕者引起子宮內膜炎或輸卵管炎，重者可造成盆腔炎及不孕症。
即使孕卵着牀也會因子宮內膜因多次吸刮遭受損傷而影響胎盤的種植和發生胎盤血液循環障礙，致胎兒缺氧而生長遲緩，使早產兒及新生兒死亡率升高;其次，多次人流容易損傷子宮內膜，因吸刮時最容易損傷子宮內膜基底層組織，所以導致子宮穿孔的也不乏其例。在子宮內膜與功能層基底層組織之間的正常組織被破壞以後，子宮內膜很容易向基底層或肌層組織內生長，形成子宮肌腺症或腺肌瘤，導致月經過多、不孕、腹痛等症。
再則，多次人流有形成自然流產的危險。因反覆流產給婦女的神經內分泌和生殖機能帶來一定的影響，尤其是對未產婦可增加妊娠早期、中期的自然流產率。還增加異位妊娠、前置胎盤和產後出血的發病率。多次做人工流產手術，不僅容易誘發生殖系統疾病，而且對乳腺有潛在的危害，影響日後哺乳。
