子宮內膜異位症該如何治療呢？合併不孕的患者有什麼方法促進懷孕呢？由於這是雌激素依賴的疾病，雌激素的主要來源是卵巢。迄今，除根治性手術治療（切除卵巢）之外，還沒有一種理想的根治方法。對於要求生育的患者來說，更需要個體化的保守治療。目前認爲，腹腔鏡確診、手術加藥物爲異位症治療的金標準。
輕症的患者明確診斷後常用一些藥物暫時性抑制卵巢功能，比如假孕療法、假絕經療法，以達到異位內膜萎縮、退化、壞死的目的。筆者曾經治一例有輕度痛經的不孕患者，在外院經過長達兩年的中藥、免疫治療、以及促排卵治療仍然不孕，後來勸她腹腔鏡檢查不孕原因，結果發現盆腔腹膜，子宮後壁一些散在子宮內膜異位竈，除了術中做了電凝處理外，術後又建議短期應用了“藥物性卵巢切除”藥物GnRH-a， 恢復月經後再給予促排卵治療，順利懷孕，喜得龍鳳雙胎。
中重度的患者常常病變累及卵巢，並可導致盆腔粘連。此時手術的目的則是剝除囊腫，去除肉眼可見的病竈，分離粘連，儘量恢復輸卵管和卵巢的正常解剖結構。而手術過程中必須十分注意對卵巢功能的保護。卵泡是生命延續的基礎，很多研究證明內膜異位症本身對卵巢功能產生破壞，降低了卵巢儲備，也就是說能發育成熟的卵泡數減少。這就要求醫生在手術時對殘存的正常的卵巢組織要“小心呵護”，儘量保留。而在術後，則根據患者疾病的嚴重程度確定是直接試孕，還是藥物治療後使用促孕技術如“試管嬰兒，人工受精”等助孕。
因此，對於內膜異位症患者，治療的目的是去除病竈，緩解疼痛，促進受孕，預防復發。年輕患者應積極促進懷孕，一般來說，在手術後1年內懷孕的概率最高，應該積極利用這一段時間，給予內膜異位症患者恰當的指導。
