關於細菌性前列腺炎的發病機制學界主要存在幾種理論假說。其中較爲重要的一種理論認爲前列腺的感染是由上行性的尿路感染所引起的。
這種情況非常多見，特別是在年輕的男性中，可以在性交後發生逆行性的尿路感染。對於一般的尿路感染和細菌性前列腺炎來說，性活動是引起發病的重要原因。比較確定的是淋菌性前列腺炎，其絕大多數是由性活動使琳菌經尿道上行而造成的前列腺感染。
有學者對慢性前列腺炎患者及其性伴侶進行研究，發現經過培養的前列腺液和陰道分泌液經常含有一些相同的病原菌。由此可以發現某些慢性前列腺炎患者很可能是在性交過程中，女性陰道內的病原菌進入男性的尿道，並逆行進入前列腺，引起細菌性前列腺炎。
此外，國外有研究表明在男性同性戀者中沒有保護措施的肛交可以引起尿道炎、尿路感染和急性附睾炎，病原菌主要爲大腸桿菌。毫無疑問，這種性活動也不可避免地會引起細菌性前列腺炎。
前列腺炎與尿道致病菌菌羣以及逆行性尿路感染有着密切的關係，因此包括留置導尿管在內的尿液引流系統都可以引起前列腺的細菌感染。尿液已有感染而未經治療的患者在行經尿道前列腺切除術後很快就會發生細菌性前列腺炎。
