有關條件性致病菌感染的治療，目前有以下幾種：
（1）卡氏肺囊蟲肺炎：可選複方磺胺甲思唑（TMPCo）或戊雙脒單用或二者合用，均有一定療效，但條件性感染即使被控制，免疫缺陷也依然存在，仍可以重新感染，因而預後較差。
（2）新型隱球菌感染：不論腦、肺感染還是全身性感染，均可用兩性黴素B和5-氟胞嘧啶。前者毒性和副作用較大，必須由小劑量開始。
（3）細菌感染：根據不同細菌及其藥敏反應來選用不同的抗生素。對非典型鳥型分枝桿菌感染的治療與抗結核治療相同，但時間稍長。
（4）艾滋病病毒性感染：主要靠對症支持治療。
