但是，新醫改下的中國醫藥市場情況已有所不同。隨着中國經濟的快速增長，值得被完全收購的中國企業由於估值上升，他們對於外企的收購意向並沒有足夠的興趣。這就使得建立合資企業成爲外企更好的選擇，數量不斷增多、經營狀況更健康的潛在的中方合作伙伴，成爲更能誘惑外資藥企的新選擇。
在這種情況下，不少跨國公司重新考慮將合資經營的方式作爲一種替代手段，以便從中國經濟持續強勁的增長中獲益。前提是採取合資經營方式的企業應該認真反思經驗教訓，以提高成功的機率。例如，選擇能夠做出實際業務貢獻的合作伙伴、保護知識產權、確保對合資企業運營的控制、協調戰略重點、建立能夠對環境變化做出快速反應的組織結構等。
選擇對路的合資夥伴
當中國在20世紀80年代第一次向跨國公司敞開大門時，日本的一些藥企率先與中國當地企業進行合資經營似乎是非常安全的選擇，因爲可以藉此接近和影響當地政府，以獲得比較好的稅收政策。即便是在今天，許多外企高管也寧願與國內成熟的大型合作伙伴打交道。
然而，這種選擇也會帶來一些問題，例如母公司未能與其共享對等的戰略利益或商業利益。跨國公司非常重視盈利能力有時，即使增長緩慢也沒有關係，而中國的合作伙伴有時則更重視快速增長。因此，在雙方的母公司之間以及混合管理團隊內部，對於投資有着不同的優先考慮，並且缺乏協作。
在當今中國市場上，跨國公司不妨與能夠明確融入其戰略目標的本地企業合作，當然，這並不排除與中國成熟的大型企業的合作。但那些快速成長的、私人擁有的、規模較小的公司，有時也是很好的談判選擇。
這些成長性公司爲合資企業帶來了強有力的商業思維模式和有形的業務資產。例如，2009年，全球製藥企業葛蘭素史克和諾華選擇與這類合作伙伴在疫苗生產市場建立了自己的合資企業。由於分別與兩家規模較小的當地企業建立了合作伙伴關係，這兩家合資企業不僅獲得了政府的疫苗採購計劃，而且獲得了進一步快速增長所需要的人才庫、研發專業知識與技能，以及一種具有企業家精神的管理思維模式。
跨國公司以前在中國可能很少遇到的一個障礙是：隨着中國藥企高管自信心的增強，許多規模較小的企業都希望自己成長爲全國性、地區性乃至全球性企業。這種願望可能會使雙方在合作範圍上那些達成一致變得更加困難。例如雄心勃勃要把國產藥品送出國門的央企，或是尋求在證券市場上市的成長性企業。
如果這種合作伙伴關係只侷限在國內，或只針對某些特定產品的話，可以採取的一種解決方法就是，分別規定在國內和在全球範圍的合作程度。這種合作是否包括獲得海外銷售渠道，針對特定市場的競業禁止條款，並就有可能將合作伙伴關係發展到其他產品線的原則達成一致。
不能忽視的組織結構問題
一旦合資企業成立並投入運行，跨國公司就應下決心管理好這家企業，就像它是自己的孩子一樣，要實施由合資企業直接向母公司彙報。
這樣的舉措在任何合資企業中都至關重要，可爲高級管理人員及時提供他們評估企業績效所需的信息。
另一方面，由於中國醫藥行業發展迅速，要求雙方合作伙伴對市場或監管政策的變化迅速做出反應。
在這方面，跨國公司就不一定佔優勢了。中方公司的決策流程中可能會涉及比較多的高管，一旦做出決策，管理人員就會迅速執行。而外企的反應就相對遲緩一些，往往會受國家和地區管理機構各層級的制約。如涉及重大事務的決策，一家合資企業的外國高管向跨國公司的中國區負責人彙報，該負責人又向國際部門負責人彙報，然後，這位負責人最終還得向首席執行官彙報。
上述做法凸顯出一個組織結構問題。許多跨國公司都設有一箇中國區CEO，這位首席執行官是該公司在華對外形象的代表，並試圖制定或影響在中國的整體戰略。但是，在中國的產品線運營往往被納入總部設在歐洲、日本或美國的全球業務單元、職能部門管理，這些業務單元或業務部門通常仍保留了大部分盈虧責任。本土市場也繼續擁有全球研發、產品開發、IT和其他職能部門並掌握決策的權利。如此一來，在中國的業務單元負責人事實上就承擔起了銷售經理的職責。
事實上，一些成功的跨國公司規定了中國區高管向其首席執行官負責的直接統屬關係。另一些跨國公司將在中國運營的職責指派給自己的管委會成員，有時則採取同時對地區組織負責的雙重統屬關係。
例如，當一家歐洲製藥企業將中國作爲其第二本土市場時，它會提拔其中國區總裁進入全球運營管委會，並委派全球首席執行官每年有一定的頻次到中國與合資夥伴見面。其結果是改善了跨國藥企與國內相關機構的合作，雙方母公司的高管層互動也更加頻繁，關係更加深入，合資企業混合管理團隊的配合也更加密切。
