1.生殖器畸形或發育異常：
常見的有隱睾、尿道狹窄、尿道瘻、尿道下裂、尿道上裂和嚴重的陰莖硬結症等。
2.梗阻性無精子症：
包括輸精管、精囊先天缺如而引起的梗阻性無精子症;輸精管節段性不發育;輸精管醫源性損傷或結紮;射精管口先天性狹窄等。
3.精索靜脈曲張：
在男性不育症中，精索靜脈曲張的發生率高達20%～35%，採用精索內靜脈高位結紮治療，可使部分患者恢復生育能力。
4.器質性性功能障礙：
包括因陰莖嚴重創傷、骨盆骨折、血管性因素(如靜脈瘻)或神經性疾病引起的勃起功能障礙，以及一些因器質性病變引起的逆行射精患者。
