長期使用藥物也會產生副作用，患者應瞭解一些藥物使用的基本知識，遵循“一不、二要、三定期”的原則。
“一不”是指不憑自我感覺用藥。慢性青光眼需長期用藥，切忌眼壓高時用藥，眼壓不高就停藥，有藥時用藥，藥用完了就自動停藥，這樣極易造成眼壓失控。另外，慢性青光眼在眼壓高的時候不一定有症狀，即使使用降眼壓眼藥水後，眼壓明顯下降，患者自己也可能感覺不到。有人用了一段時間的眼藥水，自我感覺沒有什麼變化，就認爲藥物沒有起作用，這是錯誤的。只要眼壓測量提示眼壓已經下降，就說明藥物已經起了作用。
患者用藥必須按照醫囑，切不可擅自更改使用方法。比如噻嗎心安、美開朗、貝他根等眼藥，使用次數最多爲每天兩次，切勿因治病心切，擅自增加滴藥次數至每天3次或更多，不僅不能增加療效，還大大增加了藥物的副作用。此外，上述這些藥物不能在睡前滴用。另外一些藥物則相反，只能在每晚睡前滴，如適利達、蘇爲坦、盧美根。
“二要”是指要終生降眼壓治療，要關注疾病進展。“要終身降眼壓治療”意味着治療要持之以恆，將每天滴眼藥作爲日常生活的一部分，養成習慣。藥物治療還需要根據病情經常調整，要避免盲目長期使用同一種藥物，因爲身體會產生耐藥。“要關注疾病進展”是因爲有時藥物控制不住病情，需要進一步手術等治療。因此關心自己所患青光眼的類型、程度，以及疾病是否被控制非常重要。
“三定期”是指要定期查眼壓、定期查眼底、定期查視野。降眼壓並不是藥物治療的最終目的，維護視野纔是根本目標。視野的損害是由於眼底視神經萎縮所致。因此在青光眼的長期用藥治療過程中，不光要定期檢查眼壓，更要定期檢查眼底和視野，檢測病情的進展，確認治療的效果。
另外，滴眼藥還需要注意一些細節，由於滴眼液會吸收入血，患者如果還在使用其他藥物，要事先問問醫生這些藥物一起使用是否安全，因爲有些藥物混合使用是很危險的。爲儘量減少滴眼液吸收入血並儘量增加眼睛對藥物的吸收，滴完滴眼液後應閉眼1~2分鐘，並輕輕壓迫內眥部位防止滴眼液流入鼻腔。
