專家指出：任何手術都有可能發生併發症或危險的情況，雖然人工流產只是一般所謂的小手術，但並非簡單的手術。粗暴或不正確的操作往往招來嚴重的後遺症，甚至是不孕等嚴重後果。
1、子宮穿孔：妊娠週數愈大，危險機率愈高；流產次數愈多，穿孔機會也愈大。其它如子宮位置、形狀異常或以前動過手術的子宮（如剖腹產或肌瘤切除）皆有較大的穿孔機會。
2、子宮頸或內膜粘黏：在進行子宮擴刮術時，如果刮的太粗魯，導致子宮頸或內膜受傷、發炎，就有可能產生術後的子宮頸或內膜粘黏、並會引起月經異常，如無月經或月經量過少。嚴重者會在以後產生不育症的情況。
3、不完全流產：如果手術施行不完全，少量胎兒組織殘留於子宮內，可能影響子宮收縮而造成持續出血或造成粘黏、感染等情況。最好再仔細做一次手術清除殘餘的組織。子宮的位置或形狀不正常，一般比較容易造成此後遺症。
4、細菌感染：如果器械消毒不完全，或是手術者本身未注意無菌過程，即可能造成子宮內感染，甚至繼續往上傳染侵犯輸卵管及骨盆腔，嚴重時會造成以後容易宮外孕或不孕的後果。
5、子宮頸受傷：在擴張子宮頸口的過程，如果不小心，或擴張速度太快，都有可能造成子宮頸的損傷，並造成以後懷孕較容易流產的情形，尤其是第一次懷孕或尚未生育過的婦女比較容易發生。
6、實行麻醉時可能造成吸入性肺炎或呼吸停止的狀況。
7、口服藥物流產方式，雖然沒有上述的後遺症，且能避免一些婦女身心傷害的副作用，但仍需注意有可能大量出血及不完全流產的問題。
