高錳酸鉀由於具有強氧化性，可促使細菌或其它有機物立即放出新生態氧，通過氧化細菌體內的活性基因而發揮殺滅細菌作用，對殺滅原蟲類、單殖吸蟲類和錨頭蚤等寄生蟲有顯著效果，是毒性小、副作用小、用量小的傳統消毒劑。高錳酸鉀在使用時應注意：現配現用擇時使用配。
制高錳酸鉀水溶液最好用涼開水，因爲其化學性質不穩定，水溫偏高會使其迅速分解失效。配製好的水溶液通常只能保存2小時左右，當溶液變成褐紫色時就會失去消毒作用，故最好是現配現用，並且使用時要背光，在室外需上午9點前或傍晚進行，陰天要改在中午。
藥量適宜安全使用
使用濃度不僅與魚體種類、規格大小、體質狀況、病情輕重、藥浴密度等因素有關，而且與水體環境條件密切相關，如高錳酸鉀在水體中有機物的含量高時要適當增加其用量。
在海水條件下高錳酸鉀的氧化還原能力更強，故在海水中用藥可適當降低濃度。藥量不能超出安全濃度範圍，並且不能長期使用，以防引起水產動物鰓組織受損，造成急性中毒。
通常情況下浸浴濃度爲10毫克/升～20毫克/升，時間爲15分鐘～30分鐘；全池潑灑濃度爲4毫克/升～7毫克/升。
合理混藥高效使用
爲了增強殺菌效果可以將高錳酸鉀與其它藥物混合使用，如與甲醛配合進行燻蒸消毒，也可將高錳酸鉀混入1.1%鹽酸溶液中應用，藥物需先分別溶解或稀釋後方可混合。
但配合要注意物理性或化學性的配伍禁忌，高錳酸鉀與有機物如甘油、酒精、鞣酸等會還原，脫色失效，與氨及其製劑呈絮狀沉澱失效，與甘油、藥用炭、鞣酸研磨時可爆炸。
